Fakultas Kedokteran Muhammadiyah menunjukkan misi yang jelas, yaitu berkontribusi sebagai pusat kedokteran unggul di Negara ini. Untuk mencapai tujuan tersebut, berbagai program konsisten dijalankan, seperti perbaikan kualitas pengajaran, kajian terdepan, dan pelayanan bagi masyarakat luas. Selain hal, Sekolah juga memperhatikan pengembangan moral